W 1998 roku w CENTROZAP SA ustanowiono i podjęto prace wdrożeniowe nad systemem jakości zgodnie z wymaganiami norm międzynarodowych ISO.

W 2000 roku SYSTEM ZARZĄDZANIA JAKOŚCIĄ został certyfikowany przez Rheinish - Westfalisher TUV e.V. na zgodność z normami ISO 9001: 1994/EN ISO 9001:1994.

Certyfikat "TUV Cert" został wręczony podczas EXPO 2000 w Hanowerze, jako jedynej wyróżnionej firmie z Polski.

W uroczystości wręczenia uczestniczyli przedstawiciele rządu, władz wojewódzkich oraz klienci i dostawcy z wielu krajów świata.

W 2002 roku certyfikowano ponownie SYSTEM ZARZĄDZANIA JAKOŚCIĄ w Spółce według nowych norm PN-EN ISO 9001:2001.

W 2002 roku opracowano dokumentacje i wdrożono WEWNĘTRZNY SYSTEM KONTROLI OBROTU  MIĘDZYNARODOWEGO (WSK).

Dotyczy on obrotu z zagranicą towarami, technologiami i usługami o znaczeniu strategicznym dla bezpieczeństwa państwa a także dla utrzymania międzynarodowego pokoju i bezpieczeństwa (realizacja ustawy z dnia 29 listopada 2000 roku - DZ.U. Nr 119 poz. 1250, z uwzględnieniem późniejszych zmian).

WSK został certyfikowany przez Polskie Centrum Badań i Certyfikacji, po audycie przeprowadzonym w CENTROZAP SA w styczniu 2003 roku.

Od 2003 roku CENTROZAP SA posiada również CERTYFIKAT PCBC – ZINTEGROWANEGO SYSTEMU ZARZĄDZANIA JAKOŚCIĄ I WEWNĘTRZNEGO SYSTEMU KONTROLI oraz IQNet i PCBC na system zarządzania jakością.

W 2005 roku CENTROZAP SA otrzymuje Świadectwo Ochronne wspólnotowego znaku towarowego obejmujące obszar Unii Europejskiej.

W 2008 roku w CENTROZAP SA zaprojektowano, opracowano i wdrożono System FSC^®-CoC, zgodnie z międzynarodowymi standardami "Forest Stewardship Council".

17 lipca 2008 roku CENTROZAP SA uzyskał certyfikat FSC w programie Smart Wood organizacji Rainforest Alliance we współpracy z NEPCon Sp. z o.o.. Certyfikat został wydany na okres 5 lat, tj. do 16 lipca 2013 roku.

Uzyskany Certyfikat potwierdza stosowanie przez CENTROZAP SA standardów opartych na zasadach i kryteriach „Forest Stewardship Council” /FSC/ – Odpowiedzialnej Gospodarki Leśnej, które dotyczą „Chain-of-Custody” /CoC/ – Kontroli Pochodzenia Produktu w całym procesie, poczynając od lasu, poprzez pozyskiwanie drewna, jego obróbkę i przetwórstwo, po handel włącznie.
Wymienione wyżej certyfikaty, systemy kontroli oraz nagrody potwierdzają, że CENTROZAP SA jest dobrze przygotowany merytorycznie do optymalnego zaspokojenia potrzeb klientów krajowych i zagranicznych.